Hướng dẫn chi tiết Thông tư 09/2026/TT-BYT: Phân cấp thẩm quyền phê duyệt Báo cáo Kinh tế – Kỹ thuật và Quyết toán dự án Bộ Y tế

Trong quá trình quản lý cơ sở hạ tầng, các cơ sở y tế thường xuyên phải đối mặt với áp lực lớn về thời gian và thủ tục hành chính khi tiến hành sửa chữa, cải tạo các hạng mục công trình. Trước đây, việc chờ đợi phê duyệt từ cơ quan chủ quản đối với những dự án quy mô nhỏ và vừa làm chậm tiến độ triển khai, ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng khám chữa bệnh. Sự ra đời của Thông tư 09/2026/TT-BYT đã đánh dấu một bước ngoặt tháo gỡ nút thắt này thông qua cơ chế phân cấp thẩm quyền Bộ Y tế mạnh mẽ. Bài viết dưới đây của kiemtoanxaydung.vn sẽ phân tích chuyên sâu các quy định mới nhất, giúp các chủ đầu tư, ban quản lý dự án nắm vững cơ sở pháp lý, từ khâu phê duyệt báo cáo kinh tế kỹ thuật cho đến khâu quyết toán dự án hoàn thành, đảm bảo tuân thủ đúng quy định và tối ưu hóa hiệu quả nguồn vốn.

1. Tổng quan về Thông tư 09/2026/TT-BYT

Thông tư 09/2026/TT-BYT được Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành ngày 14 tháng 05 năm 2026, đóng vai trò như một khung pháp lý chuyên biệt hướng dẫn việc ủy quyền và phân cấp quản lý đầu tư xây dựng trong ngành y tế.

Về cơ sở pháp lý, Thông tư này được xây dựng trên nền tảng của các quy định trọng yếu về tài chính – ngân sách hiện hành, bao gồm:

• Nghị định số 254/2025/NĐ-CP ngày 26/09/2025 của Chính phủ quy định về quản lý, thanh toán, quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công.

• Nghị định số 104/2026/NĐ-CP ngày 31/03/2026 của Chính phủ quy định việc lập dự toán, quản lý, sử dụng và quyết toán chi thường xuyên để thực hiện các nhiệm vụ quy định tại Điều 40 Luật Ngân sách nhà nước.

Phạm vi điều chỉnh và đối tượng áp dụng

Theo quy định, phạm vi điều chỉnh của Thông tư tập trung vào các nhiệm vụ mang tính chất nâng cấp, bảo trì cơ sở vật chất. Cụ thể:

• Phạm vi áp dụng: Áp dụng đối với các nhiệm vụ sửa chữa, cải tạo, nâng cấp, mở rộng, và xây dựng mới hạng mục công trình nằm trong các dự án đã được đầu tư xây dựng từ trước.

• Đối tượng áp dụng: Tất cả các tổ chức, đơn vị sự nghiệp, cơ quan hành chính thuộc phạm vi quản lý trực tiếp của Bộ Y tế (ví dụ: các Bệnh viện tuyến Trung ương, các Viện nghiên cứu, Trung tâm y tế trực thuộc Bộ).

Với quy định này, các đơn vị có thể chủ động hơn trong việc sử dụng nguồn vốn (đặc biệt là nguồn chi thường xuyên và vốn đầu tư công quy mô nhỏ) để duy tu, bảo dưỡng hệ thống cơ sở hạ tầng y tế vốn đòi hỏi sự kịp thời và liên tục.

2. Phân cấp thẩm quyền phê duyệt Báo cáo kinh tế – kỹ thuật (BCKTKT) mới nhất

Nút thắt lớn nhất trong quản lý dự án y tế quy mô nhỏ chính là thẩm quyền phê duyệt báo cáo kinh tế kỹ thuật. Theo Điều 1 của Thông tư, thủ trưởng các tổ chức, đơn vị thuộc quản lý của Bộ Y tế nay đã được giao quyền tự quyết định đối với các hạn mức cụ thể.

Dưới đây là bảng tóm tắt chi tiết về hạn mức phân cấp theo quy định mới:

Tiêu chí	Nội dung quy định theo Thông tư 09/2026/TT-BYT
Người có thẩm quyền	Thủ trưởng các tổ chức, đơn vị trực thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế.
Loại công việc	Sửa chữa, cải tạo, nâng cấp, mở rộng, xây dựng mới hạng mục trong dự án đã đầu tư.
Hạn mức kinh phí	Từ 500 triệu đồng trở lên đến 20 tỷ đồng.
Điều kiện loại trừ	Hạn mức trên không bao gồm chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng, tiền sử dụng đất.

Góc nhìn chuyên gia từ kiemtoanxaydung.vn:

Việc giới hạn mức sàn từ 500 triệu đồng trở lên cho thấy sự đồng bộ với các quy định về đầu tư công và chi thường xuyên hiện hành (thông thường các công việc sửa chữa dưới 500 triệu đồng có thể chỉ cần lập dự toán mà không bắt buộc lập BCKTKT đầy đủ). Mức trần 20 tỷ đồng là một con số hợp lý, bao phủ được hầu hết các nhu cầu sửa chữa, cải tạo cấp thiết tại các bệnh viện như: thay thế hệ thống điều hòa không khí, cải tạo khu vực phòng mổ, sửa chữa khu khám bệnh… Sự phân cấp thẩm quyền Bộ Y tế này giúp rút ngắn thời gian chuẩn bị đầu tư từ vài tháng xuống chỉ còn vài tuần.

3. Phân cấp phê duyệt Quyết toán dự án hoàn thành theo Thông tư 09/2026/TT-BYT

Cùng với việc giao quyền phê duyệt đầu tư, Thông tư cũng quy định rõ ràng về khâu cuối cùng của dự án là quyết toán dự án hoàn thành. Sự đồng bộ giữa khâu “duyệt chi” và “quyết toán” là điểm sáng của văn bản này.

Cụ thể, khoản 2 Điều 1 của Thông tư quy định: Thủ trưởng các tổ chức, đơn vị có thẩm quyền phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành sử dụng chi thường xuyên sau khi hoàn thành công trình xây dựng.

Ý nghĩa pháp lý của quy định này:

• Tính đồng bộ: Cá nhân nào có thẩm quyền phê duyệt BCKTKT thì cũng được phân cấp phê duyệt quyết toán dự án đó. Điều này tránh tình trạng “cấp dưới duyệt dự án, cấp trên duyệt quyết toán”, gây ách tắc hồ sơ.

• Gắn với nguồn vốn: Quy định nhấn mạnh vào các dự án sử dụng “chi thường xuyên”. Đối với nguồn vốn này, các bệnh viện và đơn vị y tế thường sử dụng để duy trì hoạt động thường xuyên. Việc cho phép thủ trưởng đơn vị tự phê duyệt quyết toán giúp đẩy nhanh quá trình thanh lý hợp đồng với nhà thầu và giải ngân vốn ngân sách.

Tuy nhiên, thủ trưởng đơn vị cần hết sức lưu ý: việc được giao quyền quyết định cũng đi kèm với trách nhiệm giải trình rất cao trước pháp luật, đặc biệt là trước các cơ quan Thanh tra, Kiểm toán Nhà nước.

4. Trách nhiệm của các đơn vị sự nghiệp y tế và chủ đầu tư

Khi Thông tư 09/2026/TT-BYT mở rộng quyền tự chủ cho các đơn vị, cơ chế kiểm soát cũng được quy định chặt chẽ tại Điều 3 nhằm tránh rủi ro thất thoát ngân sách.

Đối với Thủ trưởng các tổ chức, đơn vị được phân cấp

Thủ trưởng đơn vị đóng vai trò là Chủ đầu tư và người quyết định đầu tư, mang trên vai trách nhiệm nặng nề:

• Tuân thủ trình tự pháp luật: Phải thực hiện đúng trình tự, thủ tục, thẩm quyền và thời hạn theo quy định đối với các nội dung được phân cấp.

• Đảm bảo hiệu quả tài chính: Phải bảo đảm hiệu quả, tiết kiệm, tuyệt đối tránh thất thoát, lãng phí nguồn vốn nhà nước.

• Chịu trách nhiệm pháp lý: Phải chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về những nội dung quyết định, phê duyệt của mình.

• Nghĩa vụ báo cáo: Có trách nhiệm báo cáo định kỳ hoặc đột xuất cho Bộ Y tế về tiến độ và kết quả thực hiện quyền hạn được giao.

Đối với Cơ quan chuyên môn (Vụ Kế hoạch – Tài chính, Bộ Y tế)

Bộ Y tế không buông lỏng quản lý mà chuyển từ “tiền kiểm” sang “hậu kiểm” và hướng dẫn. Vụ Kế hoạch – Tài chính có nhiệm vụ:

• Chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan để hướng dẫn và triển khai Thông tư.

• Theo dõi, hướng dẫn và đặc biệt là kiểm tra việc thực hiện các nhiệm vụ đã được phân cấp tại các đơn vị tuyến dưới.

• Làm đầu mối tiếp nhận, nghiên cứu và giải quyết các khó khăn, vướng mắc phát sinh trong quá trình các bệnh viện, đơn vị thực thi chính sách.

Cảnh báo rủi ro (Risk Warning): Các bệnh viện đa khoa, chuyên khoa thường mạnh về chuyên môn y tế nhưng lại thiếu hụt nhân sự chuyên sâu về kỹ thuật xây dựng và kiểm toán chi phí. Việc phê duyệt dự toán sai định mức, sai đơn giá, hoặc thiếu sót hồ sơ quản lý chất lượng có thể dẫn đến hậu quả bị xuất toán thu hồi tiền khi cơ quan nhà nước vào kiểm tra. Do đó, việc thuê các đơn vị tư vấn quản lý dự án, thẩm tra thiết kế dự toán và kiểm toán độc lập uy tín là giải pháp tối ưu.

5. Hiệu lực thi hành và Cập nhật chuyển tiếp

Để các đơn vị có thời gian chuẩn bị và điều chỉnh quy trình nội bộ, Điều 2 của Thông tư quy định chi tiết về hiệu lực thi hành:

• Thời điểm áp dụng: Thông tư 09/2026/TT-BYT chính thức có hiệu lực thi hành kể từ ngày 29 tháng 6 năm 2026.

• Quy định chuyển tiếp (rất quan trọng): Đối với những Báo cáo kinh tế – kỹ thuật (thuộc phạm vi sửa chữa, nâng cấp…) đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt trước ngày Thông tư này có hiệu lực, nếu phát sinh nhu cầu phê duyệt điều chỉnh BCKTKT hoặc phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành, thì việc phê duyệt này sẽ được thực hiện theo phân cấp mới tại Thông tư này.

Điều này có nghĩa là, kể từ ngày 29/06/2026, các hồ sơ quyết toán tồn đọng của các dự án cũ cũng sẽ được giao thẳng về cho Thủ trưởng đơn vị tự phê duyệt, giúp giải phóng một khối lượng lớn hồ sơ đang chờ đợi ở cấp Bộ.

📥 [TẢI VỀ MIỄN PHÍ] Toàn văn Thông tư 09/2026/TT-BYT

Để thuận tiện cho việc tra cứu và áp dụng vào công việc thực tế, Quý khách hàng và bạn đọc có thể tải toàn văn Thông tư 09/2026/TT-BYT trực tiếp tại đường link dưới đây:

👉 [Click vào đây để tải về bản Word]

Lời kết và Liên hệ tư vấn

Thông tư 09/2026/TT-BYT là một minh chứng rõ ràng cho nỗ lực cải cách hành chính, đẩy mạnh phân cấp thẩm quyền Bộ Y tế nhằm trao quyền chủ động cho các cơ sở y tế. Việc hiểu và áp dụng đúng quy định không chỉ giúp các đơn vị đẩy nhanh tiến độ hiện đại hóa cơ sở vật chất mà còn đảm bảo an toàn pháp lý tuyệt đối cho các cá nhân lãnh đạo.

💡 LIÊN HỆ TƯ VẤN KIỂM TOÁN VÀ PHÁP LÝ DỰ ÁN

Việc áp dụng sai thẩm quyền phê duyệt hoặc thiếu sót trong hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành có thể dẫn đến những rủi ro pháp lý và xuất toán chi phí nghiêm trọng, đặc biệt là đối với các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước, vốn chi thường xuyên.

Nếu đơn vị của bạn (Bệnh viện, Viện, Trung tâm y tế…) đang gặp vướng mắc trong quá trình lập phê duyệt báo cáo kinh tế kỹ thuật, đấu thầu, quản lý chi phí hay Quyết toán vốn đầu tư công/chi thường xuyên, hãy liên hệ ngay với kiemtoanxaydung.vn!